تمرکز این مرکز بر روی فعالیت های زیر می باشد:
تحقیقات
آموزش
انتقال فناوری
برگزاری گردهمایی های علمی
انتشار کتب علمی
همکاری با سایر سازمان های زیربط
مأموریت اصلی مرکز بین المللی قنات و سازه های تاریخی آبی عبارتست از: بازشناسی سیستم قنات، حفظ و انتقال دانش و تجربیات، ارتقاء سطح اطلاعات در مورد تمامی ابعاد فن آوری قنات و سایر سازه های تاریخی آبی به منظور تحقق توسعه پایدار در مناطقی که نظام های تولید مبتنی بر منابع آب